Biserica a fost inconjurata, de la inceput, de ziduri inalte de piatra, cu metereze si drum de straja, turn de intrare si turnuri de colt, reprezentand, la acea vreme, un punct fortificat de aparare impotriva navalitorilor, unde domnitorul se putea retrage. In incinta manastirii, in afara de biserica si palatul domnesc, s-au mai construit chilii, baie, bucatarie, pivnite si staretia cu trapeza.
Pe latura sudica a incintei se afla cladirea cu sala gotica "Anastasia Doamna". De o frumusete desavarsita, sala spatioasa este bine luminata de cele 11 ferestre, iar ornamentatia este reprezentata de rozete si diverse forme geometrice si vegetale. Fresca interioara reprezinta scene cu personaje biblice.
Un loc aparte il ocupa palatul rezervat gazduirii domnitorului, cladire fortificata, specifica sec. al XVII-lea. Cuhnea domneasca sau, dupa unele opinii, baia turceasca, o cladire masiva, din piatra, este singura constructie de acest fel care s-a pastrat intr-un ansamblu manastiresc.
Biserica manastirii, reprezentand o copie simplificata a Bisericii ?Sf. Trei Ierarhi?, este specifica arhitecturii religioase din Moldova secolului al XVII-lea, fiind totusi o sinteza originala a unor elemente arhitectonice disparate. Casa domneasca, biserica si sala gotica au fost pictate de fratii aromani Mihai, Dima si Gheorghe, ajutati de cativa mesteri localnici. Dupa mai bine de 300 de ani, o parte din compozitii si portrete, deosebite ca forma si colorit, demonstreaza talentul mesterilor zugravi.
Ruinata, la sfarşitul secolului al XIX-lea, manastirea a fost restaurata in perioada interbelica, la insistenta istoricului Nicolae Iorga.
Viata religioasa si culturala a Manastirii Cetatuia este prezentata in muzeul manastirii, care poate fi vizitat de pelerini.
O superba panorama a Iasului se poate admira din turnul "Cina Pelerinului", aflat in cladirea staretiei.
